S2はJDK1.4が必要です。稼動確認は、Eclipse2.1.2で行っています。
S2-RC1.jarを解凍してできたseasar2ディレクトリをEclipseのJavaプロジェクトとして丸ごとインポートしてください。.classpathを上書きするか聞かれるので、すべてはいのボタンをクリックして、すべてを取り込みます。 これで、私と全く同じ環境になります。src/examples配下にサンプルもあります。
S2を実行するためには、libのすべてのjarファイルとsrc/log4j.properties、j2ee-config.xml、SSRMessages_jp.properties、SSRMessages.propertiesをCLASSPATHに含めてください。Eclipseにインポートして使う分には設定は不要です。トランザクション管理やコネクションプーリングの機能が要らない場合は、s2-extension.jarは必要ありません。